Comienza dando datos del motor, 12V y la corriente?
Usa un diodo que al menos soporte esa corriente aunque no es el caso, ese diodo debes conectarlo en antiparalelo es significa cátodo a positivo y ánodo a negativo, sobre bornes del motor.
La imagen es ilustrativa, los 5V pueden ser 12, 24, no tiene importancia. Solo te muestro como va el diodo mencionado.
Que controlador usas, es un transitor o un control de motor?
Si es un controlador ya tiene su protección.
Si aun asi todo esto ocurre el enfoque debe ser diferente.