Tranquilo rjpuppo, no pasa nada en tu arduino o al menos no es un problema lo que comentas... Los pines de los Arduinos pueden estar configurados como entradas, como salidas o en lo que se llama ALTA IMPEDANCIA, ese voltaje medido pareceria indicar que estan configurados como corresponden en alta impedancia!
Si quieres probar el estado real de tus salidas colocá un LED ROJO con el negativo en GND y el positivo en el pin a EXPLORAR usando una resistencia de 1k, no se deberia encender, luego coloca el POSITIVO del LED ROJO en VCC el negativo en el pin a EXPLORAR usando una resistencia de 1k, no se deberia encender...
La resistecia de 1k es para limitar la corriente en caso de que el LED se enceinda, indicando que esta configurado como una salida con un valor alto o bajo!