Forse uno schema elettrico ci avrebbe aiutato. Da quanto leggo mi pare che tu non stia usando il pin DTR/RTS del PL2303, devi pelevare questo segnale e mandarlo al pin 1 del micro da programmare mediante un C da 100nF in serie. Infatti il messaggio che ricevi riguarda proprio il reset che non sta ricevendo l'opportuno segnale