Plusieurs fichiers pour un projet (.h .cpp)

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Je ne vois pas où est la difficulté.
Il suffit d'inclure le .h où sont définies ces constantes dans les différents .cpp

Remarque : ces macros auraient avantage à être définies comme suit :

#define COMPTEUR_START()    RTC.PITCTRLA = RTC_PERIOD_CYC32768_gc | RTC_PITEN_bm; marche = 1;
#define COMPTEUR_STOP()    RTC.PITCTRLA = RTC_PERIOD_OFF_gc &~ RTC_PITEN_bm; marche = 0;
// et utilisées comme ceci
  COMPTEUR_START();