Il problema sta tutto nella piedinatura del seeeduino mega 1280, non è la stessa del arduino mega..
sono riuscito a scrivere la Sd usando quel micro ma non ricordo il pin che usavo per il CS della SD card.. se mi dovesse tornare in mente lo scrivo, ricordo che era tra il 48 ed il 58 ma non mi ricordo proprio quale di preciso 
Scusate se l'ho scritto solo ora..