Presentación de un novato y problema con bucle for

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Me parece que no tienes muy claro como funcionan los bucles creados con for( ; ; ). Lo que hacen, a grandes rasgos, es repetir el código entre llaves mientras se cumpla una condición, ayudándose de un contador. Mirate este enlace donde te lo explica muuuucho mejor que yo:

http://arduino.cc/es/Reference/For

El código que has puesto enciende varias veces seguidas el led (sin apagarlo, es como si no hiciese nada porque ya esta encendido), para, en el siguiente for, apagarlo varias veces seguidas (sin encenderlo, también es como si no hiciese nada porque ya está apagado).

Si lo que quieres es utilizar dos contadores distintos, utiliza dos variables distintas, por ejemplo:

void loop()
{
  int tiempoOn;
  int tiempoOff;
  
  tiempoOff = 1;
  for(tiempoOn=1000; tiempoOn>0; tiempoOn=tiempoOn-50)  // El tiempo de encendido va disminuyendo en cada iteración
  {
    digitalWrite(13,HIGH);  // Encendemos   
    delay(tiempoOn);        // Esperamos
    digitalWrite(13,LOW);   // Apagamos
    delay(tiempoOff);       // Esperamos
    tiempoOff = tiempoOff+50; // Aumentamos el tiempo de apagado para la proxima iteración
  }
}

También se puede utilizar while:

http://arduino.cc/es/Reference/While