primeras dudas, muy extraño

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Hola,
si le das tiempo para que recorra los distintos niveles (por ejemplo, 2 segundos cada vez), el fading funciona

long inicio;
void loop()  
{  
    digitalWrite(led, HIGH);
    delay(500);
    digitalWrite(led,LOW);
    delay(500);  
     
     inicio = millis();
     while(millis() - inicio < 2000L)
     {
        analogWrite(led, brightness);    
        brightness = brightness + fadeAmount;
        if (brightness == 0 || brightness == 125) 
        {
           fadeAmount = -fadeAmount ; 
        }     
      delay(30);
    }
}