Hola krilos. Existe una libreria poco conocida de Arduino llamada Scheduler
COn ella puedes ejecutar de forma independiente mas de un proyecto a al vez. Si puedes,
revisa el ejemplo 'MultipleBlinks' en el enlace de arriba para que veas como funciona.
Si como indicas, los dos modos del led funcionan bien por separado, deberian seguir funcionando si usas
la libreria que te indico. Solo la he usado una vez y me funciono bien y la veo como una alternativa al uso de interrupciones
que seria otra via a seguir pero algo mas compleja (a mi entender). Saludos!