Non sò aiutarti in quel problema specifico, ma ti consiglio di seguire un altra guida, e un altro plugin per utilizzare il core arduino su eclipse.
Io lo uso regolarmente da un pò di tempo (su sistema windows) e sembra che ultimamente anche l'utente Lesto lo usi (su sistema linux).
N.B. se non sei abbastanza pratico non è una passeggiata, e considera che dopo la programmazione va effettuata in C 'vero' .
N.B. sarà necessario modificare anche alcuni include di alcune librerie e rivedere qualche riga del codice stesso per far funzionare tutto.