La guida copre una serie di casistiche, poi sta alla persona adattarla al proprio caso.
Se il chip è vergine, è già impostato a 1MHz, è inutile che tu gli flashi sopra il bootloader per impostarlo ad 1 MHz, 
Non è detto però che il secondo PCB non ti serva: ad esempio, se hai un chip impostato per lavorare col quarzo esterno, se glielo levi poi NON riuscirai a programmarlo in nessuna maniera. Ti serve obbligatoriamente una fonte di clock esterna, quindi il PCB diventa indispensabile.
Però la procedura per programmarlo via ISP quella va sempre bene: sketch ArduinoISP sulla Uno, collegamenti, invio sketch.