Il bootloader lo puoi ricaricare all'infinito su un micro.
Quei lampeggi significano un malfunzionamento e non un funzionamento.
Quello che ti sta succedendo significa un mancato dialogo tra il micro e il programmatore (cosa stai usando, Arduino UNO?)
Inutile tentare di caricare direttamente lo sketch perché purtroppo il compilatore non fa riferimento ad AVRDUDE.CONF e non riconosce l'ATMEGA328 noP, l'unica operazione possibile è il caricamento del bootloader, ma se ora non riesci più devi controllare accuratamente i collegamenti e soprattutto devi mettere il quarzo molto vicino ai due pin (sicuro che siano quelli corretti?) e lo stesso vale per i due condensatori che è meglio siano da 22pF.
Se la prima volta sei riuscito a caricare il bootloader è perché il micro di fabbrica è settato con oscillatore interno a 1MHz, ma con il caricamento del bl i fuse vengono cambiati e viene settato il clock con quarzo esterno, se questo poi non fa più il suo dovere allora non funziona più nulla, quindi non dare niente per scontato e ricontrolla tutto, non può essere nient'altro.