Il diodo è messo nella posizione corretta. Come ti hanno consigliato usa un alimentatore esterno in grado di fornire maggiore potenza (1Amper o più) il GND lo metti a GND di arduino e il +5V lo colleghi ai tre collettori, in questo modo lo comandi sempre con arduino ma la corrente per il motore proviene dall'alimentatore esterno.
Occhio che questa cosa si può fare solo perché le tensioni sono simili, se non lo sono i bjt potrebbero non riuscire a condurre con 5 volts in base.
Ciao.