Metti il comune (centrostella al polo positivo e i tre avvolgimenti con 3 NPN a massa . Cosí puoi pilotare i Transitori con 0/5V e puoi mettere una tensione a tuo piacimento sul comune. Il polo negativo del alimenatore del motore devi collegare a massa Arduino.
Infatti, glielo avrei dovuto dire anche prima, ma non ci ho fatto caso, non mi sono reso conto cosa comporta quella connessione. L'emettitore sollevato da GND dalla RDC dell'avvolgimento di una fase comporta la necessità di fornire una maggiore tensione di base per portarlo in piena conduzione, e non buono ne efficiente, correggi lo schema come suggerito da uwe, sarebbe a dire come se ogni bobina di fase fosse un relè dove un capo di ognuno è connesso a VCC, l'altro capo ognuno al collettore di NPN con emettitore a GND.
Ciao.