Ma non è che facendo delle scritture singole, tramite riga di comando, viene riavviato l'arduino tramite il boot loader?
Il convertitore usb seriale fatto con l'U2 usa i segnali di handshake per resettare il 32
Bisogna vedere cosa combina il kernel quando si apre e chiude la porta al volo, se cambia lo stato di rts/cts e pin vari resetta l'arduino e lo sketch non riceve i comandi perché è in esecuzione il bootloader.
Per le prove consiglio minicom preconfigurato senza handshake hardware (senza nessun handshake).
Appena installato sulla mia suse minicom ha l'handshake hardware attivato di default e manco trasmette/riceve i caratteri se ci sono solo i pin tx/rx collegati.
Poi aggiungere all'inizio dello schetch il codice per accendere un led per un secondo e poi spegnerlo appena dopo il reset.
Così si vede bene se viene resettato l'arduino.