Hi,
Aqui tienes que tener en consideracion que cuando usas una carga inductiva esta al principio te va aumentar la corriente por unos segundos especialment motores ya que son inductivos. Al arrancar los motores estos van aumentar la corriente temporeramente. Podrias aumentar el condensador de salida por uno de 1000uf y mira a ver si esto mejora. Esto te ayudara a suplir la carga initiar al prender los motores. Para mi lo ideal seria lo que te propuse al principio de dos fuentes de energia una para los 12 voltios y la otra para los 5 voltios. Otra cosa es que puedes anadir un condesador a la salida del regulador pues el proposito del condesador es almacenar energia para cuando la necesitas.