Hola, muchas gracias por la ayuda, lo de los 5v yo pense lo mismo, es solo un hipótesis no comprobada, ahora mismo esta funcionando correctamente, logré cargar el bootloader , lo que está conectado a los pines 13,12,11 es el keypad, por lo que yo intuyo no debería causar problemas ya que son switches abiertos. Y la forma en la que se carga el programa realmente no la entendí como aplicarla a mi caso, ya que en mi PCB no tengo un controlador UART. La forma que estoy utilizando es mediante ISP con otro arduino y la opcion "subir usando programador". Tal vez suba un video explicando como funciona así es mas entendible que por texto.