Non va perso, resta segnato perché gli interrupt hanno dei registri in cui vengono settati i bit per far vedere al micro che ci sono delle ISR da eseguire. Casomai potresti perdere gli eventi successivi nel senso che, essendoci solo 1 bit, è possibile sapere se si è sollevato un interrupt ma non quanti interrupt si sono verificati.
Esempio: hai un interrupt agganciato ad un pin. Disattivi gli interrupt e subito dopo arrivano 2 impulsi su quel bit. Riattivando gli interrupt, la relativa routine verrà eseguita solo 1 volta.