Problema con lectura pines digitales arduino m0 (PA17 y PA14)

Que es esto?

 SerialUSB.begin(115200);

Esto significa que no estas usando un Arduino común o que definiste un puerto serie virtual con SoftwareSerie, de ser asi no se ve en tu código y si no se ve, raro que no de error pero obvio que no saldria nada por puerto serie.