Encontre el problema, esta en la parte donde se compara el Output con el tiempo de ese momento menos el comienzo de esa ventana de tiempo, es decir en ese pulso es especifico. tiene que ser asi
if (Output > millis() - windowStartTime). Ahora funciona, voy a probar con un periodo de tiempo mas grande quizas 3 minutos para no abusar del relay.
Gracias!