dr.benway:
Si in effetti mi sono espresso male. Stavo considerando solo l'uscita legata alla fondamentale e nelle misurazioni il periodo "off" mi appariva allungato di un valore aleatorio.
Ok, allora problema chiarito, in effetti controllando solo fondamentale quando Arduino passa ed eseguire un interrupt di un suo servizio si possono notare dei "rallentamenti" nell'esecuzione e di conseguenza avere l'impressione che tutti i bit vanno a 0.
Riguardando un attimo la misura in effetti i 50-60 cicli sono circa 1 ms che è il periodo di aggiornamento dell'interrupt per la millis.