Nel tuo codice non vedo la gestione del segnale dtr della seriale, se trasmetti sulla seriale e non lo gestisci correttamente l'arduino si resetta, per info leggi qui
http://www.arduino.cc/playground/Learning/AutoResetRetrofit
ma forse è meglio qui
http://arduino.cc/playground/Main/DisablingAutoResetOnSerialConnection
Con i terminali classici, hiperterm, putty, teraterm non ci sono problemi perché il segnale lo gestiscono loro, se ti scrivi il programma lo devi impostare tu.
Alberto