Con il serial monitor di arduino non ci sono problemi, non dovrebbe resettare l'arduino, prova a cambiare lo stato del dtr prima di inviare i caratteri, deve funzionare, per esempio il serial monitor di arduino quando apri la porta seriale non lo resetta, ho provato anche altri emulatori di terminale e non ho mai avuto problemi.
Se aspetti e non invii caratteri il boot loader non parte e si avvia l'applicazione, ma questo non è corretto l'arduino non si deve resettare.
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http://arduino.cc/playground/Interfacing/Java