Boh...con il mio arduino noto che premendo su "Tools" dell'IDE si resetta l'Arduino e per un paio di secondi non risponde(aprendo velocemente il serial monitor)
con rxtx ho trovato il parametro setDTR e ho risolto parzialmente, riducendo a 1,5-2 secondi il tempo di risposta dell'arduino, ma non sono riuscito a non farlo resettare(anche nella guida per interfacciarlo parla di un tempo di sleep del thread di almeno 1500 ms)