Ti ho suggerito una inizializzazione non supportata dallo standard usato da Arduino, ciò è solo possibile con C++11.
Quindi inizializza Matrix nel modo convensionale da dentro la funzione.
Matrix[0][0] = LOW;
Matrix[0][1] = LOW;
Matrix[0][2] = LOW;
// ecc
Se anche così non va cerca altri problemi, perché ho provato e funziona.
PS: l'inizializzazione che hai usato è valida per inizializzare array e strutture a compile-time
e non a run-time. A partire da C++11 è valida in entrambe i casi.
Ciao.