la scheda è un arduino MEGA2560 Elegoo... Stamattina ho smontato tutto il codice C# e sembrerebbe che il problema fosse questo:
in public partial class MainWindow : Window avevo dichiarato la porta seriale come public e static in modo da renderla accessibile da tutte le classi.. Una volta modificato il programma e inizializzato ogni volta la seriale prima di usarla il problema sembra rientrato.