Hola, muchisimas gracias todos.
Al parecer he logrado conseguir usando un OP amp LM324 en lugar del LM358 con ayuda de la aportacion de juand91, extrañamente no me puedo explicar porque al final no necesito un compensador de junta fria y tampoco necesite ajustar el offset.
Para ajusta el offset vi un video (dejo el link) del uso de un termopar usando un OP-AMP TL081 pero no funciono, =(. Sin embargo logre conseguir lo que buscaba y era visualizar los milivolts para pasarlos a grados centigrados en arduino.
Aun no termino el proyecto pero logre un gran avance, gracias.