Quei due pin, 0 e 1, sono utilizzati dalla seriale per comunicare col PC via USB, è normale che sono a 1 logico (5V) perché quella è la condizione di idle della seriale, sarebbe bene evitare di usarli per pulsanti e altre cose perché poi rischi di non poter caricare gli sketch su Arduino se prima non scolleghi tutto da quei pin.