Ok ora penso di aver capito dove almeno potrebbe esserci l'errore. Sono consapevole che il mio sketch può essere un po' incasinato ma credo sia il minimo indispensabile per fare ciò che mi serve, e se mi dici che effettivamente può esserci incompatibilità può darsi che della decina di di librerie che uso succeda questo. Inoltre credo di aver capito che il mio errore di fondo consistesse nell'interpretare la SD.begin come anche una specie di verifica dell'assenza. In effetti leggendo dalla pagina su arduino.cc dice che fa anche questo, ma a questo punto penso che più che altro sia una cosa secondaria rispetto all'inizializzazione in sè. Quindi vedrò di cercare l'istruzione apposita per la verifica della SD in modo da evitare di estrarre la scheda in fase di scrittura, ora non mi resta che sbatterci su la testa! 
Nel frattempo grazie per le preziose informazioni!
Riguardo al "lei"... si tratta di esperienza personale: milito in diversi forum e mentre spesso ci si dà del tu tranquillamente, in altri casi si trova gente che si offende :~ quindi per evitare malintesi, essendo agli inizi su questo forum, evito di "espormi" da subito. So che sembra patetico ma dopo aver sentito cose tipo "Non è che se siamo su un forum online allora siamo tutti amici d'infanzia..." preferisco evitare altre paternali versione 2.0 XD