No, basta cancellare, o aggiungere, i componenti sullo schema, ed aggiustare le net, per rimettere i due file in sync, solo se il caso è particolarmente grave si fa prima a cancellare la board e ricrearla.
Considerando che Superzaffo è alla sua prima esperienza con Eagle, ritengo che il caso sia "particolarmente grave" e che faccia prima a ricominciare da capo (repetita iuvant).