gravar pela LPT ele grava normalmente,
Presumo que pela paralela estejas a usar o programador ICSP. Defacto desta forma devera funcionar sempre salvo falha no circuito, agora por porta Serie e imperativo que o arduino tenha o bootloader carregado pois e ele que facilita o upload do firmware pela serie.Tenta carregar lhe o respetivo bootloader e depois tenta novamente por Serie atraves da IDE do arduino