Cuál exactamente?
Necesito verlo porque si no utiliza el puerto ICSP, entonces es incompatible con el Mega.
Ambos tienen puerto SPI en el ICSP, pero no en los mismos pines laterales. El Arduino Uno los tiene en los pines 10 (como esclavo) 11, 12, 13; el Arduino Mega los tiene en los pines 50, 51, 52 y 53 (como esclavo).
Con el llamado SS o CS, no hay problemas de compatibilidad.