¿Has conseguido solucionarlo?
Yo lo tenía corriendo perfectamente con ubuntu 10.04, pero he necesitado subir al 12.04 LTS y ha dejado de montar la tarjeta en /dev/ttyACM0 (no aparece si hago "dmesg | grep tty"), por lo tanto, ya no puedo cargar nada en mi arduino Mega ADK.