Para los que tengan problemas similares con Arduino Leonardo en ubuntu. Seguir la siguiente guía:
http://blog.markloiseau.com/2012/05/install-arduino-ubuntu/
Además solucioné el problema creando el siguiente enlace simbólico como lo comentan en el mismo foro. (para mi fue necesario crear el enlace, porque el problema continuaba)
sudo ln -s /dev/ttyACM0 /dev/ttyUSB0
Espero les sirva.