No existe mas ATMEL, ahora es Microchip y Microchip sigue haciendo cosas del estilo ATMEL con SU estilo.
Como dije, puede equivocarme pero el modo en el que se manejan los timers es difirente.
Por eso si con solo cambiar la librería usas el mismo sketch, no veo la razón de agregar este chip a una librería que hace lo mismo en otros micros.
Simplemente descarga esta librería la usas en lugar de la anterior y listo.
O me pierdo de algo?