Cara, acredito que voce está ligando seu RTC nas portas erradas...
O protocolo I2C requer dois barramentos de dados, o SCL e o SDA. Se seu RTC é baseado no DS1307 voce deve ter 5 terminais no seu shield:
Vcc, Gnd, SDA, SCL e SQRW. Vcc e Gnd voce liga nos terminais 5v e Gnd do seu arduino. SDA voce conecta porta comunication 20 (está escrito SDA antes da porta), e SCL na porta comunication 21 (está escrito SCL na porta) do mega (As portas responsáveis pelo protocolo I2C no mega sao diferentes das do Leonardo, Uno...). O terminal SQRT é apenas uma saída que se configurada no CI, te fornece uma onda quadrada de frequencia ajustável (alguns valores específicos).
Espero que tenha ajudado... teste e veja se obtem o mesmo problema que o meu!