lmeireles43,
Primeiramente, voce configura a sqrw escrevendo no registrador 0x07 do CI DS1307. Se voce baixar o datasheet, poderá ver certinho quais sao os campos que o compõe, e tudo mais (lembrando que o pino sqrt só fornece saída). Esse é parte do meu problema, no qual nao obtenho sucesso tentando ler e escrever no meu RTC. Pelo que vi no esquema que voce postou, vc contém 2 chips DS1307 na mesma placa de circuito impresso, e para mim, isso só pode significar que sao 2 RTCs, independentes ou nao. Num procura rápida, nao achei referencia ao pino DS uma busca rápida pela internet, mas tenho certeza que ele nao faz parte da pinagem do CI. Levando a hipótese de 2 CIs como válida, esse pino pode ser um simples seletor de qual CI voce está acessando, sendo um ativo baixo e um alto (NAO ESQUEÇA QUE SÃO SÓ SUPOSIÇOES!!).
Quanto ao LCD, nao sei muito sobre eles. Porque nao tenta comprar um novo e testá-lo? Pode ser problema no hardware do que voce tem. Certamente nao pagará mais do que 20 reais em um novo na internet!