Si tu as un logiciel qui fonctionne depuis le PC en utilisant le Programming Port, il doit aussi fonctionner avec le Native USB port sans modification autre que le choix du COM port, qui n'est donc pas le même.
D'autre part, dans le setup(), ajouter while(!SerialUSB); juste après le SerialUSB.begin(250000); // Le baud rate n'a pas d'importance ici.