Et c'est bien le DTR qui pilote le Reset
le RTS n'est pas relié
quand je parlais de FTDI, je faisais référence à ce cable là: FTDI Cable 5V - DEV-09718 - SparkFun Electronics
...qui utile RTS 
il me semble qu'en fonction de l'OS (linux ou windows), la façon de commander les signaux DTR et RTS n'est pas la même.
Dans tout les cas, un reset manuel doit pouvoir confirmer ou non un problème d'auto-reset.
Gromain