Bonjour
je dois dire que j'ai du mal à comprendre la logique de ce montage...ni le phénomène décrit 
Quelle est la valeur de Vcc ?
-le réveil du deepsleep se fait principe se fait par une brève mise à la masse de CH-PD , voire RST(ou par le timer interne si GPIO16 est accessible)
-en deepsleep le montage doit être alimenté
-chez moi sur un ESP12 la mise à la masse de RX ne gène pas le deepsleep (très faible consommation et réveil sans probleme par timer interne)
Par ailleurs , que le courant trouve son chemin vers la masse par un GPIO d'un µC non relié à la masse n'est pas surprenant en soi. Nous ne connaissons pas la structure des GPIO (NMOS, PMOS, diodes parasites....). Le comportement d'un GPIO dans ce fonctionnement atypique peut surprendre. Içi il y a probablement, sur le chemin, un PMOS qui , mal polarisé, n'est pas bloqué comme il devrait l'être et laisse passer le courant.
Les caractéristiques annoncées pour un composant supposent une alimentation dans la plage indiquée... et par les "voies normales".(pas par un GPIO)
Il vaudrait mieux repartir à zéro avec un ESP alimenté en permanence avec gestion complète du deepsleep.