... mi vengono i brividi solo a vedere i cablaggi in quelle foto !
Comunque ...
... studiati cosa è una "macchina a stati finiti".
Nel tuo caso hai un primo stato che è l'attesa dello START, un secondo stato che è la condizione in cui effettui la SEQUENZA ed un terzo stato in cui la sequenza è FINITA.
Durante il secondo stato devi leggere i pulsanti, se li leggi, led VERDE e torni allo stato iniziale, se non li leggi e arrivi alo stato FINALE, accendi il led ROSSO.
Ora a te scrivere il codice ... 
Guglielmo
P.S.: In 'C' è banale controllare i vari stati, ad esempio, con uno switch/case 