premetto che non ho guardato il bootloader attuale e che non sono in possesso di una scheda ethernet (purtroppo, quindi vorrei ma non posso aiutarvi) quindi vorrei capire schematicamente come funziona il sistema.
intendo:
se dovessi fare una cosa simile io modificherei il core di arduino in modo che non si resetti all'aprirsi della seriale ma quando riceve una connessione in apertura dal protocollo (parte relativamente facile), quindi parte il bootloader che si mette in ascolto e di conseguenza programma il micro.
è una cavolata?
attualmente come funziona il sistema? salva magari su sd esterna?