Se funziona, perché no.
L'importante è che tu sappia che il 2560 e il 1281 appartengono a due famiglie ATmega diverse e possono avere delle differenze che possono portare a dove modificare il codice.
Se hai trovato un core (insieme di funzioni e librerie specifiche per il micro) funzionante per ATmega1281 non ti resta che testare e testare finché non sei sicuro che funzioni tutto.