He encontrado el problema! Me explico:
Estaba haciendo pruebas a ver que pasaba si el programa intentaba funcionar sin una tarjeta SD. Como no puede inicializarla ya que esta no está, el intentar crear un directorio con 'mkdir' provoca un error grave (no se cual es exactamente) que crashea el programa y hace que vuelva a correr de nuevo desde el principio!
Saludos!
PD: me estaba volviendo loco!xD