Du hast am 2560 doch genügend freie Pins. Warum willst Du das Display dann über Schieberegister ansteuern?
Für unbenutzte Pins bekommst Du kein Geld zurück 
Funktioniert nicht richtig ist eine völlig unzureichende Fehlerbeschreibung.
Vorschlag: Teile Dein Projekt in Teilaufgaben, die Du zuerst einzeln funktionsfähig bringst. Z.B. erst mal nur eine Zahl (wie millis()) auf dem Display darstellen, dann die LEDS steuern, dann Beides verbinden.
Gruß Tommy