Hallo,
für die Pulslängenerkennung, würde es bei dir reichen, falls nicht wieder noch was dazukommt, wenn du dein Programm so umschreibst, dass deine LED Blinkerei den Ablauf nicht blockiert. Das heißt du musst millis() verstehen und anwenden lernen. Sonst wird das nichts. Das bedeutet letztlich deine while muss weg und umgebaut werden. Dafür gibts Bsp. in der IDE und das hier als erste Hilfe.
Theseus erklärt millis()
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=400102.msg2752141#msg2752141
GuntherB - BlinkwithoutDelay - Die Nachtwächtererklärung
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=423688.0
Wenn das fertig ist, kannste deine Eingänge abfragen und merkst dir den Zeitpunkt/die Zeitpunkte des Pegelwechsels mit micros(). Aus der Differenz der Zeit haste deine Pegellänge. Bei dem kurzen Programm sollte das ausreichend genau genug sein.
Wenn du das mit Taster testest musste die noch entprellen, sonst kommt Müll raus. Dafür wäre das abgreifen der echten Signal hilfreich.
Kurzum, du hast jetzt viel vor dir um einen sauberen/größeren aber schnellen Sketch zu schreiben.