E rieccomi ancora a chiedere qualche dritta.
Dopo giorni giorni e giorni di prove senza risultati soddisfacenti, ma solo con qualche piccolo segno di avanzamento, sono arrivato ancora qui per vedere se riesco ad uscire da questa situazione ingarbugliata.
Il discorso è questo, dovrei scrivere un file in formato .hex dentro ad un atmega328.
Dopo aver provato svariate combinazioni, sono approdato a questo link: http://www.gioblu.com/tutorials/programmazione/216-usare-larduino-uno-come-programmatore-isp e seguendo questa guida, sono riuscito a scrivere il bootloader su un atmega vergine.
Quindi fin qui sono arrivato, ora stavo tentando di scrivere questo benedetto file .hex tramite avrdude.
Per la documentazione ho seguito questo sito: AVRDUDE: 2.2 Programmers accepting extended parameters
E alla fine ho provato con questo comando:
avrdude -c arduino -p m328p -P /dev/ttyACM0 -b 115200 -U flash:w:/home/stefano/Scrivania/servo2ppm_v4_3_for_release/servo2ppm_v4_3_16Mhz/ppm_encoder_v4_3.hex
Ovviamente il valore del parametro -c l'ho cambiato con tutti i valori che mi sembravano più congrui alla situazione.
Le risposte di avrdude sono variabili in base al tipo di parametro usato e sono:
stk500_getsync(): not in sync: resp=0xe0
avrdude: stk500_2_ReceiveMessage(): timeout
avrdude: stk500_recv(): programmer is not responding
Insomma, non riesco a venire fuori da questa situazione disperata che mi sta tenendo bloccato tutto un progetto abbastanza importante 
Mi sembra impossibile che nessuno in questo forum abbia avuto la necessità di scrivere su un atmega un file .hex senza dover passare obbligatoriamente per l'IDE
Helpppppppppppp!!!
Grazie.
Ciao.
prova con:
tieni premuto il tasto reset, lascialo e subito dipo lancia il comando:
avrdude -F -v -p m328p -cstk500v1 -P /dev/ttyACM0 -b 115200 -D -U flash:w:"file.hex":i
Qualcosa di diverso l'ha fatto, ora devo preparare il circuito sulla breadboard per vedere se effettivamente il programma gira a dovere.
avrdude -F -v -p m328p -cstk500v1 -P /dev/ttyACM0 -b 115200 -D -U flash:w:/home/stefano/Scrivania/servo2ppm_v4_3_for_release/servo2ppm_v4_3_16Mhz/ppm_encoder_v4_3.hex:i
avrdude: Version 5.10, compiled on Jun 29 2010 at 21:09:48
Copyright (c) 2000-2005 Brian Dean, http://www.bdmicro.com/
Copyright (c) 2007-2009 Joerg Wunsch
System wide configuration file is "/etc/avrdude.conf"
User configuration file is "/root/.avrduderc"
User configuration file does not exist or is not a regular file, skipping
Using Port : /dev/ttyACM0
Using Programmer : stk500v1
Overriding Baud Rate : 115200
AVR Part : ATMEGA328P
Chip Erase delay : 9000 us
PAGEL : PD7
BS2 : PC2
RESET disposition : dedicated
RETRY pulse : SCK
serial program mode : yes
parallel program mode : yes
Timeout : 200
StabDelay : 100
CmdexeDelay : 25
SyncLoops : 32
ByteDelay : 0
PollIndex : 3
PollValue : 0x53
Memory Detail :
Block Poll Page Polled
Memory Type Mode Delay Size Indx Paged Size Size #Pages MinW MaxW ReadBack
----------- ---- ----- ----- ---- ------ ------ ---- ------ ----- ----- ---------
eeprom 65 5 4 0 no 1024 4 0 3600 3600 0xff 0xff
flash 65 6 128 0 yes 32768 128 256 4500 4500 0xff 0xff
lfuse 0 0 0 0 no 1 0 0 4500 4500 0x00 0x00
hfuse 0 0 0 0 no 1 0 0 4500 4500 0x00 0x00
efuse 0 0 0 0 no 1 0 0 4500 4500 0x00 0x00
lock 0 0 0 0 no 1 0 0 4500 4500 0x00 0x00
calibration 0 0 0 0 no 1 0 0 0 0 0x00 0x00
signature 0 0 0 0 no 3 0 0 0 0 0x00 0x00
Programmer Type : STK500
Description : Atmel STK500 Version 1.x firmware
Hardware Version: 3
Firmware Version: 3.3
Vtarget : 0.3 V
Varef : 0.3 V
Oscillator : 28.800 kHz
SCK period : 3.3 us
avrdude: AVR device initialized and ready to accept instructions
Reading | ################################################## | 100% 0.03s
avrdude: Device signature = 0x000000
avrdude: Yikes! Invalid device signature.
avrdude: Expected signature for ATMEGA328P is 1E 95 0F
avrdude: safemode: lfuse reads as 0
avrdude: safemode: hfuse reads as 0
avrdude: safemode: efuse reads as 0
avrdude: reading input file "/home/stefano/Scrivania/servo2ppm_v4_3_for_release/servo2ppm_v4_3_16Mhz/ppm_encoder_v4_3.hex"
avrdude: writing flash (3252 bytes):
Writing | ################################################## | 100% 0.88s
avrdude: 3252 bytes of flash written
avrdude: verifying flash memory against /home/stefano/Scrivania/servo2ppm_v4_3_for_release/servo2ppm_v4_3_16Mhz/ppm_encoder_v4_3.hex:
avrdude: load data flash data from input file /home/stefano/Scrivania/servo2ppm_v4_3_for_release/servo2ppm_v4_3_16Mhz/ppm_encoder_v4_3.hex:
avrdude: input file /home/stefano/Scrivania/servo2ppm_v4_3_for_release/servo2ppm_v4_3_16Mhz/ppm_encoder_v4_3.hex contains 3252 bytes
avrdude: reading on-chip flash data:
Reading | ################################################## | 100% 0.79s
avrdude: verifying ...
avrdude: 3252 bytes of flash verified
avrdude: safemode: lfuse reads as 0
avrdude: safemode: hfuse reads as 0
avrdude: safemode: efuse reads as 0
avrdude: safemode: Fuses OK
avrdude done. Thank you.
Speriamo bene 
Grazie.
Domanda.............
ma se piuttosto di preparare il circuito sulla breadboard, inserisco quell'atmega sullo zoccolo del mio arduino uno, non dovrei riuscire lo stesso a testare il tutto?
Tanto a me non interessa dialogare tramite usb, devo solo collegarmi alle varie porte per vedere se il programma mi risponde correttamente e la scheda arduino uno dovrebbe anche in mancanza di bootloader alimentarmi correttamente l'atmega.
Sto dicendo una fesseria?
dovrebbe funzionare, salvo che il chip di bordo usb/seriale non sfasi