Io ti dico cosa dovrebbe esserci collegato al chip da programmare per stare tranquilli
1 R di pull-up da 10K sul pin RST collegata verso Vcc e basta.
Tutto quello che c'è in più, soprattutto sui pin MOSI/MISO/SCK, può dar noia, soprattutto se sono collegamenti verso massa. Su questi pin hai qualcosa?