Hallo,
noch ein Tipp: wenn Du da einen Frequenzumrichter in der Nähe hast dann wirst Du mit absoluter Sicherheit EMV Probleme bekommen. Ohne zusätzliche Hardware Filter und Abschirmungen wird Dir der Arduino selbst verrückt spielen und / oder die Encoder-Interrupts kommen völlig falsch an. Lass den Umrichter erst mal raus.