Salut,
Si tu regarde bien le connecteur d'alimentation de la carte mere, pour l’allumer, il suffit de mettre un broche à la masse.
Si tu met ton arduino sur la meme masse, un simple GPIO devrait faire l'affaire, mais j'y mettrait un transistor pour une meilleur séparation.
Sinon ... pourquoi ne pas simplement utiliser du WoL ?