Tal vez no me explique bien, lo que no debe variar rápidamente es la magnitud a medir, no la señal en crudo. Por ejemplo si se mide la temperatura de un cuarto, no se espera que suba y baje un grado cada mili segundo. En este caso promediar varios valores para eliminar ruido es lo correcto. En cambio si lo que se esta midiendo un evento rápido, como por ejemplo un transitorio de un condensador, hacer un promedio de mediciones seria un error y suavizar una curva requiere filtros mas especializados.
¿En cual caso estas?